海中生活に適応したとはいえ、繁殖は陸上でおこなう。卵は1個〜3個を産み、オスとメスで世話をする。
またコウテイペンギンのように、ある程度成長したヒナ同士で集まり「クレイシュ」（Crèche。フランス語で託児所の意。クレイシとも）を形成するものがある。
また、羽毛が抜け替わる換羽期には海に入らず、絶食状態で陸上にとどまる。
ほとんどのペンギンは他の鳥類と同様に春から夏にかけて繁殖するが、最大種のコウテイペンギンは、-60℃に達する冬の南極大陸で繁殖を行う。
そのため、世界で最も過酷な子育てをする鳥と言われる。
